1241 wird das Schloss Kefikon erstmals im Zusammenhang  mit  Burchardus de Kevincon erwähnt. Burchardus war kyburgischer und reichenauischer Dienstmann und wahrscheinlich auch der Erbauer der Wasserburg Kefikon. Die Herrschaft Kefikon war bis 1798 in Lehen des Klosters Reichenau und gehörte zur Landgrafschaft Thurgau sowie auch zur Landgrafschaft  Kyburg. Die Grenze verlief über die Herdplatte der Schlossküche. Erst im 20. Jahrhundert wurde diese Grenze zwischen den Kantonen Zürich und Thurgau bereinigt. So liegt das Schloss heute im Kanton Thurgau und der Schlosspark im Kanton Zürich. Das durch die Kantone getrennte Dorf ist ein Unikum, Kefikon Thurgau gehört zur Gemeinde Gachnang und Kefikon Zürich zur Gemeinde Wiesendangen. Verschiedene Geschlechter besassen Kefikon, bis 1650 der Zürcher Stadtschreiber Hans Kaspar Hirzel Schloss und Herrschaft kaufte. 1669 wurde er Bürgermeister der Stadt Zürich. 1740 verkauften die Brüder Hirzel das Schloss ihrem Schwager Heinrich Escher vom Glas. 1798 ging die Gerichtsherrschaft der Familie Escher durch die französische Revolution und die Befreiung des Kantons Thurgau verloren. 1804-1823 bewohnte das Schloss Hans Konrad Escher von der Linth, der Erbauer des Lindtkanals zwischen Zürichsee und Walensee.